На вечерната Богослужба на 10. август. 2002 година, со Боговдахновени чинодеанија и манифестации, со велелепна литија, по 530 години, дел од Светите мошти на Свети Климент кои почиваа во црквата ,,Св. Богородица-Перивлепта", се сместија и почиваат во гробното место кое што пред еден милениум Охридскиот патрон со сопствените раце си го направил, односно во својот манастир ,,Св. Пантелејмон". Со светата архиерејска Литургија на 11. август. 2002 година, на локалитетот Плаошник во Охрид се освето возобновениот Климентов манастир ,,Св. Пантелејмон и Св. Климент Охридски".
Во новоизградената црква се вградени и зачувани остатоците на оргиналниот Климентов манастир. Во Климентовиот манастир се наоѓал првиот Словенски универзитет, жариштето на словенската писменост и култура, место каде што биле удрени темелите на Охридската книжевна школа, од која се подготвени 3500 ученици кои ја ширеле словенската писменос дури ди Русија. Тука се наоѓа и болницата опишана од архиепископ Теофилак во XII век и Димитрј Хоматијан во XIII век. Во XIV век е изградена нова црква од страна на Кесарот Дука и неговиот син Димитриј а во XV век бил разурнат и претворен во џамија. Таа подоцна настрадала од силен земјотрес во XVII век.
Во 2000 година од страна на Министерството за култура се одобрени големи матерјални стретства и е даден приоритет да се довршат археолошките истражувања. Меѓу откриените објекти најрепрезентативна е петтокорабната епископска базилика, седиштето на Лихнидските епископи, која потекнува од ИВ век. До неа се открија: големиот баптистериум (крстилница) и многубројни придружни објекти чии подни мозаици, Охрид, го воздигнуваат, на местото на кое му припаѓа - Балкански Ерусалим.
Во внатрешноста на Климентовиот манастир се открија богати наоди: делови од позлатени одежди, голем број на големи енколпиони - двојни петорални крстови со светителски претставувања на Св. Богородица и Распетието Христово, кои служеле како реликвијари на монасите и многу други монети. Темелите за возобновување на Светиклиментовиот манастир се осветени на 8. декември.2000 година по повод 2000 години христијанство.
