Манастирската црква "Свети Пантелејмон" ја изградил свети Климент Охридски кон 893 година. Плаошник уште во старохристијанскиот период бил многу почитуван простор. Тука имало голема поликонхална црква и уште една петобродна базилика, двете со крстилници откриени во поново време. После варварските пустошења и потреси, старата триконхална црква ја обновил св. Климент. Таа се истакнувала со своите сладни кружни форми со браниден план. Кон основното јадро додал и притвор, а потоа и нови градби на запад, север и југ. Тука, и во манастирскиот комплекс што се разил во идните векови, св. Климент започнал голема просветителска и книжевна дејност (Охридската книжевна школа), се развил Првиот словенски универзитет откаде се ширеле словенската писменост, уметност и култура. Светиклиментовата црква потоа била обновувана и живописувана (XIII - XIV/XV век) на истите темели. Така функционирала до крајот на XV век кога манастирската црква и сите конаци се урнати од еден висок османлиски судски офицер којшто врз ѕидовите на црквата подигнал исламски објект - Султан Мехмед џамија. Овој објект функционирал некое време, за потоа да биде оставен на милост и немилост на времето.
Во 1942/43 година тука се започнати првите археолошки ископи, кога се откриени остатоците од старата црква на св. Климент посветена на св. Пантелејмон и гробот на светителот. Во 1964 - 1967 година се извршени дополнителни археолошки ископувања и извршена е конзервација на остатоците од Светиклиментовата црква.
По повод јубилејот „2000 години христијанство во Охрид и Македонија" на иницијатива на Дебарско-кичевската епархија, Заводот за заштита на спомениците на културата и Народен музеј - Охрид и општина Охрид, во почетокот на 1999 година беше прифатена идејата за Возобновување на Светиклиментовата манастирска црква "Св. Пантелејмон" од страна на Министерството за култура на Република Македонија, кое резултираше со одлука на Владата на Р.М. во месец март 1999 година.
Беше формиран одбор за возобновување од страна на Министерството за култура, на чело со академик Крум Томоски. Жири комисијата составена од адекватни профили на експерти го прифати идејното решение на проектантската група од надлежната охридска институција - Завод за заштита на спомениците и народен музеј - Охрид, на чело со архитектот Тања Паскали Бунташеска. Голема улога во Возобновувањето има и искусниот архитект Тодор Паскали. Изведувач на Возобновувањето беше МИТАН- ПРОМ од Охрид, на чело со Перо Митаноски.
На 08. XII 2000 година, од страна на Архиепископот Охридски и Македонски г.г. Стефан во сослужение на сите архиереи на МПЦ, беше осветен и поставен камен-темелникот на новата црква. На тој чин присуствуваше многуброен народ како и целиот државен врв.
Светиклиментовата црква "Св. Пантелејмон" целосно е возобновена до крајот на јули 2002 година, на истите темели од времето на св. Климент (IX век) и доградбите (параклисите, северниот и јужниот трем и камбанаријата (XIII-XIV/XV век) со истите материјали и ист пристап на работа како што се работело во старите времиња и во времињата на нејзините поранешни обновувања.
Манастирската црква е тролисна (триконхална) со наос (централен брод), нартекс (припрата) со галерија, северен трем, јужен отворен трем, кубе над олтарниот простор, кубе над централниот простор и камбанарија на западниот дел.
Во внатрешноста има зачуван живопис од времето на нејзиното обновување во XI-XII, XIII-XIV век и остатоци од постари фази на подови кои денес се презентирани со подни стаклени површини. Стариот под во олтарниот простор и во наосот е возобновен со мермер врз основа на остатоци од стариот оригинален под. Поставена е мермерна олтарна преграда и резбани царски двери, иконостас и гробот на св. Климент. На ѕидовите од северниот трем презентирани се откриените фрагменти од фрескоживописот на старата црква.
На 10 август извршено е литијно пренесување на моштите на св. Климент од црквата "Света Богородица Перивлепта" во Возобновената манастирска црква на Плаошник, и се сместени во гробот што самиот си го ископал (оттогаш црквата го носи името "Св. Климент и Пантелејмон").
На 11 август 2002 година, Архиепископот Охридски и македонски г.г. Стефан во сослужение на сите архиереи на МПЦ, ја освети Возобновената манастирска црква "Св. Климент и Пантелејмон" на Плаошник.
На тој начин црквата на св. Климент го доби својот првобитен лик и на тој начин и понатака сведочи за духовната големина, димензија и светлина, која извирала и извира од него и го просветлува целиот словенски и православен свет.
Во мај 2007 година повторно започнаа обемни археолшки испитувања на целиот простор околу црквата, со цел да се откријат сите пропратни објекти, за во иднина истите да се возобноват, со што целиот комплекс би го добил својот автентичен лик.
Во манастирот редовно богослужи свештеникот Никола Христоски, додека старешина е Неговото Високопреосвештенство, Митрополитот Дебарско-кичевски г. Тимотеј а благајник е свештеник Димче Ѓорѓиески.
