Се наоѓа на најјужниот дел на Охридското Езеро, на карпа над езерскиот брег. Изграден од рацете на свети Наум кон крајот на IX век и посветен на Светите Архангели. Светилник што непрестано ги просветлува оние кои со вера доаѓаат во него, непрестан извор на чудотворство и окружен со прекрасна природна убавина, манастирот претставува вистинско парче од небото на земјата, во кој времето и просторот ги губат своите граници. После смртта на ктиторот, св. Наум, и поради големиот култ кон него манастирот го добил сегашното име.
Според својата форма црквата е триконхална (тролисна).
Првобитната црква, што ја изградил св. Наум, била рушена, според некои во XV и XVI век, а според други кон крајот на XVIII век од страна на Али Паша Јанински. Од старата манастирска црква зачувани се значајни глаголско-кирилски натписи издлабени на столбовите од трибелонот, и воедно сведочат за најстарата словенска писменост. Јеромонахот Григориј од Москополе, во втората половина на XVIII век го обновил манастирот со подигање на две келии, потоа ја уредил и осветил црквата и го изградил пронаосот. Сегашнава црква е градена и доградувана на темелите од старата црква, и тоа во две етапи. Во првата етапа се градени наосот и нартексот, а во втората етапа двете куполи над нартексот и наосот. Еден од најзаслужните за возобновувањето на манастирот бил игуменот Стефан од Филиполе. Тој ја изградил куполата над капелата каде што се наоѓа гробот на св. Наум, во негово време се фрескоживописале црквата и гробната капела и бил заслужен за изградбата на манастирските конаци, кои, за жал, изгореле во пожар во 1875 година. Во 1881 година била изградена нова зграда за потребите на училиштето, каде учел и преродбеникот Димитар Миладинов.
Кога станува збор за гробниот параклис, некои сметаат дека тој е од времето кога бил погребан св. Наум, додека други сметаат дека тој бил отворен кон манастирскиот двор и сегашниот облик го добил во средината на 50-тите години од XIX век.
Според академик Цветан Грозданов црквата била фрескоживописана по 1400 година на што упатува еден фрагмент најден под подот на сегашната црква. Денешниот фрескоживопис е дело на „зографот Трпо, син на зографот Константин од Корча" а за време на игуменот Стефан. Гробниот параклис е живописан во 1800 година, додека црквата после шест години, за што сведочат еден ктиторски натпис како и натписот над западната врата. Најголемо внимание привлекува циклусот за животот и чудата на св. Наум, во гробниот параклис.
Престолните и празнични икони и иконостасот во резба се дело на зографот Константин, а според записите изработени во 1711 година. Би го издвоиле Успението на св. Наум, што претставува најстара претстава на оваа тема.
Манастирската црква е позната и по ретко убавата резба, која датира од XVII и почетокот на XVIII век. Особено се издвојуваат царските двери, кои целосно се исполнети со резба, како и крстот на иконостасот.
Од 1991 година во манастирот повторно заживеа монашкиот живот, со доаѓањето на Неговото Високопреподобие, архимандритот Нектариј Најдоски, игумен на манастирот. Со неговото сесрдно залагање и себепредавање и под будното око на себезаборавниот Митрополит Дебарско-кичевски г. Тимотеј, не завршија градителските зафати во овој манастир. Целосно се обновија и осветија манастирските конаци, се изгради камбанарија, во 2005 година, се организираа научни симпозиуми и конферениции. Преку таквите активности и случувања живо се пренесува духот на св. Наум и во наше време, а манастирот продолжи да биде она што одсекогаш бил: духовен, црковен, просветителски и научен центар.
