Црквата е посветена на Христос како Божествена Премудрост т.е. Св. Софија, и е подигната врз темели на ранохристијанска базилика.Служела како катедрална патријаршиска црква во времето на цар Самоил.

Денешниот изглед е од времето на охридскиот архиепископ Леон (1037-56), кој го обновил и проширил овај катедрален храм. Кога, пред пет децении, е отпочнато со чистење и конзервација на оваа охридска катедрала, пред очите на јавноста се откри еден од најголемите комплекси на фрескоживопис на европската и византиската уметност од XI век. Постарите фрески како и оние од XIV век предизвикаа исклучително внимание и набргу добија угледно место во сите светски научни изданија.

Во XI векСвета Софија била ,,Голема црква" на Охридската архиепископија, под чија дијацезаво тоа време била територијата од Дунав до Албанските брегови и до Солунскиот залив, оваа црковна организација уживала голем углед во православниот свет, а охридските поглавари-архиепископи го истакнувале нејзиното јустинијанско потекло. На нејзиниот престол доаѓале најистакнати личности на источната екумена.

Во втората половина на XV век претворена е во џамија и тогаш се извршени најголемите измени. Сите фрески биле покриени со вар, куполата на црквата е струшена и срамнета со покривот, додека пак старата олтарна мермерна преграда со пластична декорација била отстранета, и од мермерот во наосот кон југо-запад е подигнат мимбар. а над северозападните кубиња подигнати се минариња.

Под влијание на архиепископот Леон фрескоживописани се повеќе од шеесетина фигури. Најбројни и најугледно место, во централниот дел на олтарот, се ликовите на поглаварите на Цариградската Патријаршија: Св. Василиј Велики, Св. Јован Златоуст и Св. Григори Богослов.

Фигурите на шест римски папи се насликани во Ѓакониконот, со што се одразува односот меѓу Цариградската и Римската црква, пред расцепот во 1054 година. Најпопуларни и за посетителот најблиски по својот карактер се сцените: ,,Света Тројца" во вид на три ангели и во посета на Аврам, ,,Гостољубието на Аврам" и ,,Жртвата Аврамова" , ,,Тројцата момчиња во огнената печка Ананиј, Азариј и Мисаил" и ,,Скалата на Јаков". Во проскомидијникот се насликани ,,Св. 40 Севастополски маченици" над нив е преставен Христос како им дели венци. Основна композиција во апсидата претставува ,,Причестувањето на апостолите", со Христос во стредина како го благословува лебот и путирот. Во школката на апсидата на престол седи Св. Богородица, насликана со малиот Христос пред себе. Од јужната и северната страна, во ритмички лет, ним им се поклонуваат по пет ангели.

Охридската катедрала ,,Св. Софија" во 1313-14 година од охридскиот архиепископ Григориј, ја добива величенствената припрата, една од најубавите градби од тој вид во византиската и македонската градителска култура. Катот на нејзиниот нартекс и параклисот на Јован Оливер, добиле сликарска декорација уште кон крајот на XIV веккаде се насликани ктиторот со семејството и тогашниот охридски архиепископ Никола. Параклисот е посветен на Св. Јован Претеча. На сводовите на припратата се насликани ,,Седумте вселенски собори" и ,,Покајанието на Давид". Давит клекнат пред пророк Натан, во присуство на ангел со меч во рака на мечот напишано името на зографот Јован Теоријан. Првиот појас од припратата го опфаќаат ликови на монаси, пустиножители и црковни поети.

Григориевата галертија во првиот појас е насликан циклусот за стерозаветниот Јосив, ,,Канонот за разлучување на душата и телото". На северниот ѕид е насликан ,,Дејзисот" - Страшниот суд, а на западната страна е насликан фриз од дваесет допојасни фрескина маченици и исцелители меѓу кои и Св. Козмо и Дамјан и на Св. Наум Охридски.

Фреските на Григориевата галерија се дело на охридските работилници, на учениците на зографот Јован Теоријан и на неговиот круг.

По Божја промисла, надлежниот владика, Неговото Високо Преосвештенство Митрополит Тимотеј, гледајќи ја ова светиња како соборен храм на највисокиот македонски клир, како во минатото, во сегашноста, така и во иднината, не можеше да остане рамнодушен и да го прифати последниот елемент на иноверците, т.е. мимбарот. На една од седниците на Светиот Архиерејски Синод беше покренато и прашањето околу санација на храмот од последниот исламски елемент во оваа импозантна црква. На таа расправа не доби безрезервна подршка од некои своите собраќа, најверојатно подржувани од највисоката институција на државата под изговор дека, со демонтирање на мимбарот ќе се предизвика меѓу-верски конфликт.

На оваа иницијатива владиката Тимотеј не доби подршка ни од оние институции на кој им беше должност да го заштитат нашето културно богатство ,,Завот за заштита на културно историски споменици". Секако не Охридскиот завод кои на црквата ,,Св. Софија" гледаа како на светиња, и во секој поглед го подржуваа својот надлежен владика Тимотеј.

Неговото Високопреосвештенство Митрополит Тимотеј беше решен да влезе во војна со секој што ќе му се спротистави да ја реализира оваа идеа. И влезе. Им се спротистави на: тогашниот Архиепископ, Преседателот на Република Македонија, директорот на ,,Завот за заштита на културно историски споменици" на Република Македонија, медиумите и др.

Митрополитот Тимотеј беше спремен да поднесе секаква жртва само да се демонтира (демолира) и отстрани мимбарот и ги замоли сите институции доколку треба некој да сноси одговорност, тоа е само тој, а другите лица, да бидат ослободени од одговорноста. Кога ,,Завот за заштита на културно историски споменици" на Република Македонија почувствува дека владиката е во право и ја добива биткат, понуди стручниот тим, кој требаше да изврши демонтирање. Од економски причини беше избран тим по воља на Неговото Високопреосвештенство Митрополит Тимотеј, а сепак по својата стручност беше над нивото од тимот на ,,Завот за заштита на културно историски споменици" на Република Македонија.

На 3.јуни. 2000 ? вечерта додека се чествуваше Преподобен Наум Охридскиот Чудотворес и Митрополитот Тимитеј беше на манастир но со мислите Св. Софија, со затемнети прозорци под раководство на Паско Кузман и Владо Маленко се демонтираше мимбарот.

Во 22.00 часот беше до половина срушен а во 03.00 часот Владиката доби известуваше по телефон дека треба да части, мимбарот веќе го нема.
Наредниот ден, топ тема на сите медиуми и дневни списанија беше демонтирањето на ,,мимбарот".

Пред одржувањето на 35 годишениот јубилеј од автокефалноста, кој на Вториот Ден на Педесетница - Духовден, 24. јуни. 2002 година, се прослави во Охрид, се отпочна со вистинското ревитализирање на најстариот и најкапитален сакрален објект во Република Македонија - катедралата на некогашната Охридска Архиепископија.

Најнапред се направија археолошки истражувања од страна на Охридскиот завод за заштита на споменците на културата, кое во разни етапи, траеше неколку децении.

Кога завршија археолошките истражувања, по демонтирањето на мимбарот, остатоците од некогаш разурнатиот иконостас а сега мимбар се употребија да се направи проект како би се направил што по автентичен иконостас. Идејните решенија за иконостасот и подот, беа готови, и се пристапи кон реализација на проектите, за истакнување е големиот придонес на локалните добронамерници: дипл. инж. арх. г. Тодор Паскали и Директорот на Охридскиот завод за заштита на споменици на културата - г. Паско Кузман. Под будното око на Митрополит Тимотеј, навремено завршија сите градежни работи и се запазија сите рокови, се изработи нов мермерен иконостас во камена резба, нови икони за иконостасот, свети двери во длаборез, на целиот храм се инсталира подно парно греење, се посла нов мермерен под, нова електрична инсталација, се постави нов свет престол, нови свети сосуди, свешници ит.н.

Неговото Високо Преосвештенство Митрополитот Тимотеј и покрај тоа што му останува уште половина за обработтување на нивата Господова успеа да го врати литургискиот живот, сјајот и целосната функција на вековната катедрала на Охридските архиепископи на древната Архиепископија во Охрид и со тоа да се вгради во историјата како наследник градител и творец рамо до рамо со оние што граделе и твореле во древната ,,Охридска Архиепископија"-Јустинијановата Архиепископија.